De 2006 a 2009, o PPGSAT estabeleceu profícua parceria com o Programa de Pós-Graduação em Saúde Pública e Meio Ambiente da ENSP-FIOCRUZ, dentro de um projeto denominado INTEGRANDO PROGRAMAS DE PÓS-GRADUAÇÃO EM SAÚDE PÚBLICA, AMBIENTE E TRABALHO. Este projeto foi aprovado pelo Edital MCT/CT-INFRA-ENERG/CNPq 07/2006, em 01/12/2006. Esta colaboração ocorreu, fundamentalmente, pela integração de seus alunos e docentes, participando de dois subprojetos transversais de pesquisa, a saber: "Conhecer para prevenir riscos ambientais: Educação e Saúde Ambiental em Santo Amaro da Purificação" e "Impacto epidemiológico-sócio-ambiental da mina desativada de amianto em Bom Jesus da Serra - Bahia".
A estratégica concepção de projetos "transversais" permeou as propostas pedagógicas de ambos os programas. Substancial parte dos recursos e esforços destinaram-se à realização das pesquisas "transversais" que abordam grandes problemas ambientais e ocupacionais da Região Nordeste, no Estado da Bahia. Esforços e recursos foram alocados para atividades de troca de experiências presenciais, em cursos e estágios para treinamento de pesquisadores e alunos envolvidos nas pesquisas. Assim, cinco docentes da ENSP-FIOCRUZ (Sergio Koifman, Sandra Hacon, Brani Rozemberg, Hermano Castro e Fernando Telles) estiveram no PPGSAT para participar do programa didático de disciplinas do curso, compor sete bancas de qualificação e participar das atividades de pesquisa em colaboração.
O PPGSAT reafirmou suas articulações históricas com os sindicatos, especialmente com o SINPRO-BA (Sindicato dos Professores da Rede Particular de ensino no Estado da Bahia) e CONTEE (Confederação Nacional dos Trabalhadores em Estabelecimentos de Ensino). Vários mestrandos desenvolveram e ainda desenvolvem trabalhos de dissertação sobre o tema Saúde do Professor. A interação com estes órgãos de representação sindical tem sido muito profícua.
Outros sindicatos com os quais o PPGSAT mantem relacionamento são AEPETRO (Associação dos Empregados da PETROBRAS) e SINDAE (Sindicato dos Trabalhadores em Água e Esgoto do Estado da Bahia).
A articulação com as ONGs ambientalistas AVICCA (Associação das Vítimas da Contaminação pelo Chumbo, Cádmio, Mercúrio e outros Elementos Químicos) e ABEA (Associação Baiana dos Expostos ao Amianto) tem sido muito importante na execução de trabalhos de pesquisa de alunos do PPGSAT.
Uma importante parceria foi estabelecida, de 2006 a 2009, com a Rede Marinha-Costeira e Hídrica do Brasil, da Fundação AVINA, presidida nacionalmente pela Profa. Tania Tavares, agregando líderes-parceiros, pesquisadores e lideranças ambientais no Estado da Bahia. A AVINA apoiou o Fórum Controle Social do Bahia Azul que contou com a participação de três docentes deste programa e de membros das ONGs ambientalistas AVICCA e GAMBÁ. A Fundação AVINA patrocinou o Projeto do Líder-parceiro Severino Soares Agra Filho, docente do PPGSAT, denominado Parceria RMCH-BR - Universidade Pública na disseminação do tema marinho-costeiro e hídrico, no valor de R$ 50.000,00. Os recursos deste projeto foram fundamentais para trazer líderes da AVINA (João Suassuna e Apolo Hering Lisboa) e o Bispo de Barra, Dom Luiz Flávio Cappio, para participar de eventos do PPGSAT, referentes à questão da Transposição do Rio São Francisco.
Com a ativa participação do Prof. Carlos Eduardo Siqueira ex- Universidade de Massachussets at Lowell e agora na Universidade de Massachussets at Boston), o PPGSAT fez parcerias com o Work Environment Department da UMB-Lowell até 2011. A partir de março de 2012, vigora o Acordo de Cooperação Acadêmic e Educacional entre o PPGSAT(Departamento de Medicina Preventiva e Social da FMB-UFBA) e o Instituto Mauricio Gastón para Desenvolvimento da Comunidade Latina e Políticas Públicas da Universidade de Massachussets at Boston. EUA.
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